登場人物の解説
SIREN2は登場人物が多く、また操作できるキャラクターも多数います。最初は島に向かったグループ、ヘリコプターで不時着したグループ、元から島にいたグループに別れており、だんだんと合流して行動していきます。
まずはグループごとに分けて登場人物を解説していきます。
島に向かったグループ
雑誌編集者の一樹守（いつきまもる） が主人公です。彼は29年前の夜見島集団失踪事件の真相を探るべく、島に渡ろうとします。
阿部倉司（あべそうじ）、喜代田章子（きよたあきこ）、三上脩（みかみしゅう）、ツカサ号（三上と共にいる盲導犬）、船員アルバイトの木船郁子（きふねいくこ） 、翔星丸の船長（名称不詳）、以上6名と1匹で、夜見島に向かいました。
このうち、三上は元島民であり、4歳の時に加奈江（かなえ）と共に島を脱出した過去があります。その時に加奈江の死を見て、視力と記憶を失ってしまったようです。また、木船は10年前に島の近くで転覆した大型船に母が乗っており、その娘です。
船長は漂流後にすぐに屍人となります。一樹は島で出会った岸田百合（きしだゆり）という美少女と行動を共にします。加奈江、岸田については後述します。
ヘリコプターのグループ
訓練中に不時着した自衛隊員です。主人公は永井頼人（ながいよりと）。直属の上官である三沢岳明（みさわたけあき）と共に行動します。
三沢は前作の舞台となった羽生蛇村で災害救助をした経験があり、鋭い勘で本質の敵（岸田百合、矢倉市子）を見破ります。
島にいた人物
矢倉市子（やぐらいちこ）は島で目を覚ましますが、過去に存在した人間です。矢倉は記憶を失っており普通の中学生に見えますが、正体は堕慧児（屍霊の親玉）が矢倉市子を真似て作り出した模倣体です。本物の矢倉は10年前の大型船の転覆事故で死亡しています。
また、加奈江（かなえ）、 岸田百合は鳩と呼ばれる母胎（闇人の親玉）の使いで、加奈江は29年前に幼い頃の三上を、岸田は一樹を母体に取り込ませようとします。これらの意味の詳細は次の見出しで解説します。
敵の正体
人類がいない古の世界では、闇那其と呼ばれる神の分身が生命体となって存在していました。しかし神が大洪水を起こして、分身たちは地下で暮らす者と海底で暮らす者に別れてしまいます。海底に逃げた者たちは屍霊となり、闇霊の親玉が堕慧児です。
一方で地下で暮らす者たちは、地上の奪還を考えます。母体と呼ばれる存在が三上の母親の水難死体を見つけて人間の存在を知り、人を模倣した闇人を作り出せば地上に戻れるのではないかと考えます。
しかし母体は不完全な存在であるため、地上から男を連れて来て吸収する必要がありました。男を誘惑するための鳩と呼ばれる人型の存在を作り、地上に送ります。その最初の存在が加奈江です。島民が加奈江を殺そうとしたため、母体が加奈江の危機を救うために異界にコピーの島を作り、島民を転送します。これが島民の集団失踪の真相です。
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